Το  διοικητικό  συμβούλιο  του  σωματείου  αποτελείται  από  επιφανείς  κατοίκους  της  πόλεως  με  θέληση  να  βοηθήσουν  και  να  ωθήσουν  το  σωματείο  στην  ανάπτυξη  του  πράγμα  που  θα  ωφελήσει  τα  μέγιστα  τον  Χανιώτικο  αθλητισμό  και  θα  δώσει  κίνητρο  στη  νεολαία  να  ασχοληθεί  με  αυτόν.  Η σύνθεσή του Διοικητικού Συμβουλίου του Α. Ο. Κύδωνα Χανιών έχει ως εξής :

Πρόεδρος :                                      ΚΟΥΒΑΤΣΟΣ  ΑΘΑΝΑΣΙΟΣ

Α΄  Αντιπρόεδρος :                        ΛΑΒΟΥΤΑΣ  ΣΩΤΗΡΗΣ

Β΄  Αντιπρόεδρος :                        ΚΑΤΣΑΝΤΩΝΗΣ ΝΙΚΟΛΑΟΣ

Γ΄  Αντιπρόεδρος :                        ΜΑΥΡΑΚΑΚΗΣ  ΚΩΝ/ΝΟΣ 

Γεν.  Γραμματέας :                        ΣΤΑΥΡΑΚΑΚΗΣ  ΓΙΑΝΝΗΣ

Ειδ.  Γραμματέας :                        ΣΤΕΦΑΝΟΥΔΑΚΗΣ  ΜΑΡΚΟΣ

Ταμίας :                                             ΦΟΥΡΝΙΑΝΑΚΗ  ΑΝΘΟΥΛΑ

Έφοροι  Τμημάτων :

Έφορος  Στίβου :                           ΠΕΤΡΑΚΗΣ  ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ          

Έφορος  Γυμναστικής :               ΜΑΛΙΧΟΥΤΗΣ  ΔΗΜΗΤΡΗΣ

Έφορος  Μπάσκετ :                      ΚΩΝΣΤΑΝΤΟΥΔΑΚΗΣ ΝΙΚΟΛΑΟΣ

Έφοροι  Βόλεϊ :                              ΦΡΑΓΚΙΑΔΑΚΗΣ  ΝΙΚΟΛΑΟΣ     

Έφορος  Ποδηλασίας :                ΧΟΥΔΑΛΑΚΗ  ΕΥΑΓΓΕΛΙΑ

Έφορος  Άρσης  Βαρών :             ΜΑΥΡΑΚΑΚΗΣ  ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ

Έφορος  Χάντμπολ Ανδρών:      ΠΟΥΛΙΔΑΚΗΣ  ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ

Έφορος  Χάντμπολ Γυναικών:  ΜΠΟΛΑΚΗΣ  ΕΜΜΑΝΟΥΗΛ

Έφορος  Σκακιού :                        ΚΟΥΒΑΤΟΣ  ΑΘΑΝΑΣΙΟΣ

Έφορος  Εκδηλώσεων :                ΦΟΥΡΝΙΑΝΑΚΗ  ΑΝΘΟΥΛΑ

ΕΦΟΡΟΙ  ΤΜΗΜΑΤΟΣ  ΠΕΤΟΣΦΑΙΡΙΣΗΣ

           Έφορος του τμήματος βόλεϊ με πλούσια προσφορά στο τμήμα είναι επί σειρά ετών ο κος Φραγκιαδάκης Νικόλαος που από τον Αύγουστο του 2007 είναι και μέλος του  Δ.Σ. της Ε.Σ.ΠΕ. Ε.Ο.ΠΕ. ΚΡΗΤΗΣ. Επίσης από τον Αύγουστο του 2007 χρέη εφόρου  εκτελεί και ο κος Λελεδάκης Ανδρέας καταξιωμένος επιχειρηματίας της πόλης των Χανίων.